La misión principal de la FCJE es representar al judaísmo español ante el Estado y ante las organizaciones de ámbito nacional e internacional.

Sus objetivos son:

1. Actuar de enlace y coordinador de las actividades de las Comunidades en el ámbito nacional.

2. Coadyuvar en la creación de nuevas Comunidades Israelitas, Judías o Hebreas, indistintamente.

3. Ostentar la representación de dichas Comunidades ante las Autoridades competentes en todo el territorio del Estado y ante instituciones y organizaciones judías y no judías, nacionales y extranjeras.

4.  Promover y desarrollar en el seno del judaísmo español toda clase de actividades religiosas, culturales, sociales y proyectos de interés general judío, asegurando la conservación de las tradiciones judías y el cumplimiento de las exigencias religiosas, culturales y sociales de los judíos españoles.

5. Velar por el suministro de productos “Casher” en España, así como organizar la supervisión de la elaboración con arreglo a la Ley y a la tradición judía de los productos “Casher” destinados a la exportación y su comercialización.

6. Velar por la creación, desarrollo y buena marcha del Consejo Superior Rabínico de España (CSRE), órgano dependiente de la Federación, formado por ministros de culto en posesión de la titulación de rabino, para la interpretación y aplicación de la Ley judía y la supervisión del “Cashrut” en el seno de las Comunidades afiliadas a la Federación. Los títulos de rabino de los ministros de culto de las Comunidades afiliadas deberán ser aceptados y reconocidos por el Consejo Superior Rabínico de España (CSRE) de España y refrendados por la Comisión Permanente de la Federación.

7. Promover y defender la imagen del judaísmo.

8. Promover la tutela y conservación del patrimonio histórico y artístico, cultural y arquitectónico, arqueológico y documental del judaísmo español y divulgar el conocimiento de la cultura judía  española.

9. Luchar contra el antisemitismo, el racismo,  la xenofobia  y otras formas de intolerancia.

10. Velar por el cumplimiento y desarrollo del Acuerdo de Cooperación  con el Estado. Llevar a cabo, en su caso, las negociaciones pertinentes con el Estado para mejorar o novar el citado Acuerdo, proceder a suscribir las modificaciones o nuevos acuerdos resultantes, así como garantizar su cumplimiento.

11. Promover los contactos y relaciones con Israel, con la diáspora y con todos los entes y organizaciones judías de carácter internacional.

12. Desempeñar todas las actividades afines a las expuestas y que le sean encomendadas por la Asamblea General.